Tras tres años de conflicto, Paraguay se apoderó de extensos territorios pero no prosperó su pretensión de marcar la frontera a partir del río Parapiti en el oeste, cerca de las poblaciones hoy bolivianas de Charagua y Villa Montes y de los ríos Tucavaca y Bambural en el norte, hasta donde el ejército paraguayo obligó a replegarse al ejército boliviano.
Tras la firma del Protocolo de Paz, con la firme acción del canciller argentino Carlos Saavedra Lamas (ganó el Premio Nobel de la Paz por esa gestión) en 1939 las fronteras quedaron marcadas por líneas geodésicas (casi siempre límites secos) como en la actualidad por fuerte presión de Estados Unidos
En 1940, el presidente Higinio Morínigo suspendió la constitución y prohibió los partidos políticos. La victoria aliada en la Segunda Guerra Mundial en 1945 convencen a Morínigo de liberalizar su régimen.
Sin embargo, la férrea alianza que Morínigo demostraba con el Partido Colorado y su grupo paramilitar Guión Rojo resultó en un un fallido golpe de estado en diciembre de 1946.
La guerra
El 11 de enero de 1947, los febreristas renunciaron. Inmediatamente formaron una coalición con el Partido Liberal y el Partido Comunista Paraguayo en contra de Morínigo. Instauraron un gobierno militar en Concepción.
Los disidentes iniciaron la marcha desde Puerto Casado, Concepción hacia Asunción. Consiguieron llegar hasta Villeta antes de ser detenidos por el ejército del gobierno.
Morínigo contraatacó con el apoyo del Partido Colorado, incluyendo a Alfredo Stroessner. Estos aprovechando las grandes diferencias sociales existentes, promovieron la participación de los pynandí (clase baja).
Los pynandí se reunieron en Asunción y formaron un ejército de veinte mil hombres, con todo el armamento del ejército (bastante bien equipado, pues el país recién salía de la Guerra del Chaco) menos los navíos que habían sido secuestrados por la marina, estacionados en Clorinda. Ellos tomaron Concepción mientras los rebeldes se acercaban a Asunción.
El Banco Central del Paraguay considera a la guerra la principal causa del feroz proceso inflacionario iniciado en 1947.
A partir de entonces se consolidó la hegemonía plena del Partido Colorado, que finalmente llevaría al poder al entonces coronel Alfredo Stroessner.