La Gobernación del Río de la Plata y del Paraguay, fue una división territorial integrante del Imperio Español en la zona de la cuenca del Río de la Plata. La capitulación del 21 de marzo de 1534 entre Pedro de Mendoza y la Corona española, creó la primera Gobernación del Río de la Plata, que fue también conocida como Gobernación del Paraguay y Gobernación de Nueva Andalucía.

En 1617 se produjo la división de la gobernación, creándose la Gobernación del Paraguay, llamada originalmente del Guayrá, quedando con el nombre de Gobernación del Río de la Plata o de Buenos Aires, la parte sur con capital en esta ciudad.

Fue enviado preso a España en 1545, quedando nuevamente Irala como gobernador interino.

Irala viajó al Alto Perú y pidió un gobernador para el Río de la Plata, al virrey del Perú.

En julio de 1558 fue electo gobernador Francisco Ortiz de Vergara.

En 1564, Ñuflo de Chávez quedó como gobernador de ambas gobernaciones reunidas como gobernación de Santa Cruz de la Sierra. Torres de Vera y Aragón que era oidor de la Real Audiencia de Charcas, nombró como teniente de gobernador a Juan de Garay.

En 1588 Alonso Vera fundó la ciudad de Corrientes, llamándola San Juan de Vera de las Siete Corrientes.

En 1590 Juan Torres de Vera y Aragón renunció a la gobernación y se retiró a España, siendo electo gobernador Hernando Arias de Saavedra (llamado Hernandarias) quien fue sucedido en 1594 por Fernando de Zárate.

La gobernación del Río de la Plata y del Paraguay desapareció al ser dividida por la real cédula del rey Felipe II del 16 de diciembre de 1617, por la cual se divide la antigua gobernación entre dos nuevas gobernaciones llamadas del Río de la Plata y del Guayrá o Gobernación del Paraguay.