Cubas, apoyado probablemente por el desagrado popular ante la situacion creada, en que el candidato más votado habia enviado a prisión, triunfó en las elecciones con el 54% de los votos y tres días después de haber asumido el cargo presidencial indultó a Oviedo librándolo de la cárcel, a pesar de una ley aprobada en los últimos días del gobierno saliente, que intento cortar esa posibilidad. Tanto la oposición como los partidarios de Oviedo se congregaron en la plaza del Congreso.
Esta situación generó una crisis política que conmocionó al país durante una semana. La oposición responsabilizó inicialmente al presidente, Raúl Cubas Grau como también al hombre fuerte de la política paraguaya de entonces, Lino Oviedo.
La muerte de Argaña provocó una serie de manifestaciones de opositores y adherentes a Oviedo y al gobierno de Cubas, que desembocó en acontecimientos en que murieron siete manifestantes contrarios al gobierno, la vispera de la votación del Juicio Político, lo cual produjo finalmente la renuncia de Cubas a la presidencia, a fin de evitarlo, y su casi inmediata salida al exilio.
Un intento fallido de golpe de estado en mayo del 2000, nunca bien aclarado, sería la última acción militar que influiría en la vida política paraguaya.
El gobierno de González Macchi no mejoró la economía paraguaya y se caracterizó por constantes escándalos de corrupción y una nueva crisis financiera.
Gobierno de Duarte Frutos
En las elecciones nacionales del 2003, es elegido Nicanor Duarte Frutos, candidato del Partido Colorado paraguayo. El electo presidente inicialmente llegó a un acuerdo con los partidos opositores para una renovación de la Corte Suprema de Justicia y la reforma del Estado, pero dicho acuerdo rápidamente fue roto debido a que la estructura del estado no fue transformada y los hechos de corrupción continuaron de la misma forma en que se dieron durante el gobierno de González Macchi.
A comienzos del año 2006 se da una nueva crisis política, debido a una controvertida resolución de la Corte Suprema de Justicia, que habilitaba a Duarte Frutos a ejercer la presidencia del Partido Colorado, algo expresamente prohibido por el artículo 237 de la Constitución Nacional.