Época colonial

Los primeros europeos se establecieron en la zona refugiados tras el fracaso de la primera fundación de la ciudad de Buenos Aires a principios del siglo XVI y fundando una casa fuerte que sería Asunción del Paraguay el 15 de agosto de 1537.

La ciudad finalmente se convirtió en la cabecera de una provincia colonial española, llegando a conocerse como «Madre de Ciudades» ya que de ella partieron las corrientes pobladoras y repobladoras de diversas ciudades: Ontiveros, Ciudad Real del Guayrá y (la primera) Villa Rica del Espíritu Santo en el departamento (provincia) del Guayrá (actual estado brasileño de Paraná), Jérez del Itatín (en el actual Mato Grosso del Sur), Santa Cruz de la Sierra, así como las importantes ciudades argentinas de Buenos Aires, Corrientes, Santa Fe y Concepción de Buena Esperanza, más conocida como Concepción del Bermejo.

Bajo el gobierno de Hernandarias, llegan al Paraguay los jesuitas para contribuir a la tarea de pacificación de los indígenas, dando así origen a las célebres reducciones Jesuíticas. Desde 1604 a 1767 los jesuitas realizan con los indígenas guaraníes de Paraguay un original gobierno teocrático.

La organización total abarcó 32 reducciones. Respecto a la organización de las reducciones, cada pueblo estaba regido por el cura Rector, máxima autoridad; el cura doctrinero, encargado de la instrucción religiosa; el cura Despensero, encargado de la administración económica; y el cura auxiliar o coadjuntor, que era el nexo entre el rector y la población.

En 1750, el tratado de límites entre España y Portugal, afectó a Paraguay con las pérdidas de Guayrá (entre el río Paraná y el Océano Atlántico, la gran provincia del Itatín y la región de Cuyabá que fueron cedidos al Brasil portugués a cambio de la Colonia del Sacramento, en la Banda Oriental del río de la Plata.